Réforme des congés de maladie dans la Fonction publique : la CFDT fait le point

Le décret n° 2026-705 du 29 juillet 2026 relatif aux congés pour raisons de santé des agents publics est entré en vigueur et apporte plusieurs évolutions concernant les arrêts de travail et le temps partiel thérapeutique.

Depuis sa publication, de nombreuses informations circulent, parfois contradictoires, notamment sur les contrôles des arrêts maladie, les sorties autorisées ou encore les nouvelles obligations des agents.

À ce stade, après une première analyse du texte, plusieurs évolutions sont identifiées, notamment :

• de nouvelles modalités de contrôle des congés de maladie ;
• une réforme du temps partiel thérapeutique, avec davantage de garanties pour les agents (entretien préalable et motivation obligatoire en cas de refus) ;
• une volonté affichée d'harmoniser certaines règles avec celles du secteur privé.

Pour la CFDT, cette réforme s'inscrit dans une succession de mesures qui renforcent les dispositifs de contrôle des agents publics. Après la baisse de l'indemnisation des congés de maladie ordinaire, ce nouveau texte traduit une orientation gouvernementale privilégiant le renforcement des contrôles plutôt que l'amélioration des conditions de travail et de la prévention de l'absentéisme.

 La CFDT restera particulièrement vigilante afin que ces nouvelles dispositions ne conduisent ni à une remise en cause des droits des agents ni à une stigmatisation des fonctionnaires.

En revanche, plusieurs interrogations demeurent concernant l'application concrète de ces dispositions dans la Fonction publique hospitalière. À ce jour, nous n'avons pas identifié de circulaire ministérielle, d'instruction de la DGOS ou de doctrine nationale venant préciser les modalités pratiques de mise en œuvre.

C'est pourquoi la CFDT a officiellement sollicité la Direction des ressources humaines du CHU de Rouen afin d'obtenir des réponses précises, notamment sur :

• les modalités de contrôle des congés de maladie ;
• les personnes ou organismes habilités à effectuer ces contrôles ;
• les règles applicables aux sorties pendant un arrêt de travail ;
• l'application des nouvelles dispositions relatives au temps partiel thérapeutique.

Dès que nous disposerons d'éléments officiels, nous vous communiquerons une analyse juridique complète ainsi que les conséquences concrètes pour les agents du CHU de Rouen.

Nous continuerons à défendre les droits des agents et à intervenir chaque fois que l'application de cette réforme soulèvera des difficultés ou portera atteinte aux garanties statutaires.

N'hésitez pas à nous contacter si vous êtes concerné par un arrêt de travail ou un temps partiel thérapeutique et que vous souhaitez être accompagné.

Bonne journée à toutes et à tous.